傳統的空調系統，尤其是空調箱內部是細菌繁殖的良好溫床，但是只要破壞或消除細菌滋生的條件，抑制或降低室內細菌發生，切斷空調系統所有潛在的污染傳播途徑，就可以消除一切滋生菌的可能性。這與傳統觀念不同：解決微生物污染不是除菌或殺菌的方法問題，而是不讓它產生。

　　因此，應該將無菌空間看作一個控制體，對整個工藝操作，包括對設施、環境、物料與人員進行全過程控制，而不僅僅是對操作本身。在全過程消除一切可能產生微生物污染的隱患，才符合微生物控制的原理，才能為無菌環境控制提供更為有效的保障。全過程控制應包括進入控制體前控制、進入控制體后控制、退出控制體后的控制。

　　進入前控制，即在進入控制體前應對人員、器械和材料等所有人與物進行嚴格消毒，并采用生物潔凈技術對空氣進行有效的過濾除菌，以保證進入控制體的空氣無菌、無塵。由于無菌空間存在著許多發菌源，空間外的污染空間會隨時隨地滲透進來。要保持空間的無菌狀態，進入后控制的重點應是對空間的污染以及人與物、人與人、物與物的交叉污染。

　　對此，可通過采取生物潔凈技術綜合措施，如合理建筑布局、規劃人流物流、消除發菌源的二次污染，降低交叉污染的隱患;設置氣閘或緩沖、整個區域的梯度壓差的控制，徹底阻止室外污染進入的可能;依靠室內氣流技術，用大量低速空氣以所需要的流型(亂流或單向流)，稀釋(或擠排)室內的所有發菌等，有效地維持無菌空間。退出后控制同樣重要，如加強清潔、清場與處理等管理。只有及時將所有污物、廢物等清出，并進行妥善處理，才有可能維持無菌空間及保護環境。